Nuevo ensayo PCR en tiempo real para la detección cualitativa de RNA de mutaciones genéticas en el gen S (P681R, L452R y E484Q) en muestras respiratorias positivas de SARS-CoV-2.
A pesar de la lenta tasa de evolución del SARS-CoV-2 en relación con otros virus de ARN, su transmisión masiva y rápida durante la pandemia de COVID-19 le ha permitido adquirir una diversidad genética significativa desde que ingresó por primera vez a la población humana. Esto condujo a la aparición de numerosas variantes, algunas de las cuales recientemente se han etiquetado como «variantes de preocupación» (VOC), debido a su impacto potencial en la transmisión, morbilidad / mortalidad y la evasión de la neutralización por anticuerpos provocados por infección, vacunación o aplicación terapéutica. Sin embargo, la importancia de las variantes (clasificación como “variantes de interés” (VOI) o “variantes de preocupación” (VOC)) puede diferir según la ubicación.
A junio de 2021, más de 60 países informaron casos causados por una variante recientemente reconocida, el linaje B.1.617, que se detectó por primera vez en diciembre de 2020 en la India. La variante emergente B.1.617 comprende distintos sublinajes. El sublinaje B.1.617.2 o Delta está asociado con un mayor riesgo para la salud pública y está reconocido internacionalmente como VOC. B.1.617.2 se caracteriza por mutaciones en la proteína spike: T19R, G142D, Δ157-158, L452R, T478K, D614G, P681R y D950N. El sublinaje B.1.617.1 ha sido reclasificado como VOI (variante Kappa), y aunque todavía demuestra una mayor transmisibilidad, la prevalencia global parece estar disminuyendo. B.1.617.1 se define por los cambios de aminoácidos de la proteína spike G142D, E154K, L452R, E484Q, D614G, P681R y Q1071H. El impacto sobre la capacidad de escape inmune de los sublinajes de B.1.617 se espera, debido a las mutaciones L452R, T478K y E484Q de RBD y su combinación con mutaciones y deleciones de NTD, particularmente en el caso de B.1.617.2.
En enero de 2021, se informó la aparición de una nueva variante en California que portaba una mutación L452R en el RBD. Esta variante (Epsilon) comprende dos linajes separados B.1.427 y B.1.429, el primero con dos mutaciones de la proteína spike (L452R, D614G) y el segundo con cuatro (S13I, W152C, L452R, D614G). En California alcanzaron una prevalencia de más del 50% a partir de febrero de 2021 y son reconocidos como VOC en los EE. UU. y como VOI Epsilon por la OMS. Se demostró que estos linajes muestran una resistencia moderada a la neutralización por sueros convalecientes y sueros de receptores de vacunas. El mecanismo de cambio estructural de RBD debido a L452R se ofrece como explicación de la capacidad de neutralización reducida de los anticuerpos. El sublinaje B.1.526.1, que se detectó por primera vez en Nueva York, también alberga la sustitución L452R.